Después de doce años, Alfaro vuelve a tener la oportunidad de dirigir a Boca. Tras su salida de Huracán, el entrenador tendrá la difícil misión de dirigir a uno de los dos equipos más importantes de la Argentina, oportunidad que estuvo cerca de concretar en la temporada 2006-2007.

La carrera de Alfaro arrancó en 1992 cuando tenía 30 años. Se había retirado del fútbol y asumió la conducción de Atlético Rafaela junto a Victor Bottaniz en 1994, luego de trabajar en las divisiones inferiores. Fue subcampeón en el Nacional B 94-95 que ganó Estudiantes de La Plata.

<b>Luego, dirigió a Patronato, en el año 1998 y si bien sólo estuvo seis meses al frente del equipo que disputó ese año el viejo Argentino A, su paso fue positivo y casi logra el ascenso a la Primera B Nacional.

Alfaro se hizo cargo de un equipo complicado en el certamen nacional y por muy poco, casi logra el ascenso en un recordado encuentro ante Villa Mitre en el Grella en el cuál no tuvo la posibilidad de clasificar a la segunda categoría. Esa temporada el ascenso quedó en manos de Gimnasia y Esgrima de Concepción del Uruguay.</b>

Luego, tuvo otro paso por Quilmes y dirigió a San Lorenzo entre 2005 y 2006 con resultados que no fueron buenos. Fue su única experiencia en un club grande y la previa a desembarcar en Arsenal de Sarandí, donde ganó todo.

En la primera etapa en Arsenal conquistó la Copa Sudamericana 2007. Un par de años después volvió y fue campeón del Torneo Clausura 2012, la Supercopa Argentina 2012 y la Copa Argentina 2013.

En el medio de sus dos pasos por Sarandí estuvo en Rosario Central, donde realmente le fue muy mal (sacó el 19% de los puntos) y solamente dirigió 14 partidos.

Antes de llegar a Huracán, donde dirigió al Globo más de un año y consiguió buenos resultados, tuvo pasos por Tigre y Gimnasia de La Plata.

A horas de un nuevo año, lo encuentra al santafesino en uno de los desafíos más importantes de su carrera.